La Contraloría General de la República (CGR) entregó una serie de instrucciones para «determinar y hacer efectivas las eventuales responsabilidades administrativas» de los funcionarios públicos involucrados en el escándalo de las licencias médicas. El noveno Consolidado de Información Circularizada (CIC) del organismo reveló que 25.078 funcionarios públicos presentaron un total de 35.585 licencias médicas y que realizaron 59.575 entradas y salidas del país con motivos de viajes personales mientras debían guardar reposo médico.
En un instructivo de siete puntos, la CGR señaló que «corresponde a la autoridad determinar si instruye uno o más procedimientos disciplinarios considerando la cantidad de casos respecto de los cuales haya de efectuar indagaciones sea individualmente o en forma agregada respecto de determinados grupos de involucrados, conforme su grado, jerarquía u otros aspectos». Sobre la designación de fiscales en cada caso, el ente fiscalizador apuntó que «este no debe tener una relación de dependencia o subordinación con el servidor investigado y, por otra, que goce de un grado o jerarquía similar o mayor que el de éste». «Asimismo, el fiscal tendrá amplias facultades para realizar la investigación y los funcionarios estarán obligados a prestar colaboración que se les solicite. En cuanto a la investigación, el fiscal podrá valerse de todos los medios de prueba. Sin embargo, con el objeto de acreditar los hechos de que da cuenta el CIC N°9, deberá contar, en primer lugar, de la certificación oficial de la Policía de Investigaciones de Chile en relación con la fecha de entrada y salida del país correspondiente», señaló el documento. Además, los sumarios deberán realizarse con un «debido proceso, que, en el ámbito administrativo, implica un racional y justo procedimiento. Por ello, se debe velar continuamente por el derecho de defensa o de contradicción de todas aquellas personas que puedan resultar afectadas con la decisión administrativa». También se mencionó en el documento que «están afectos a toma de razón, los actos administrativos que dispongan sobreseimientos, absoluciones y aplicación de medidas disciplinarias, en investigaciones sumarias y sumarios administrativos ordenados instruir por la Contraloría en los servicios sometidos a su fiscalización. Asimismo, el inculpado podrá ejercer el derecho a reclamo ante la CGR».
Además, se anunció la implementación de una nueva plataforma llamada «Sistema de Inspección de Acciones Derivadas (SIAD)» para «mejorar el registro, el monitoreo, la supervisión y la trazabilidad de los procedimientos disciplinarios ordenados instruir por la Contraloría a las municipalidades y servicios públicos.»